Variations in periplasmic loop interactions determine the pH-dependent activity of the hexameric urea transporter UreI from Helicobacter pylori: a molecular dynamics study

Table 1 Residues involved in salt-bridge interactions. Residues that are capable to form a salt bridge in the periplasmic regions of hpUreI system. This information are show for every chain in all the three pH simulated

	Chain A	Chain B	Chain C	Chain D	Chain E	Chain F
pH 2.0	E60 – H71	E60 – H71	E60 – H54	D126 – H131	E60 – H71	E60 – H71
	D129 – K132	D130 – H70_F	D126 – K132	D130 – H70_E	D130 – H70_C	D130 – H131
	D130 – H131	E138 – H131	D129 – H131	D140 – H123	D130 – H131	E138 – K132
	D130 – H70_B		D129 – K132		D140 – H131
					D140 – H123
pH 6.0	E60 – H193	E60 – H71_A	E60 – H71	E60 – H70_F	E60 – H71	E60 – H71
	E60 – H131_C	E60 – H193_A	E60 – H54_A	E60 – H54	E60 – H193_D	E63 – K132_B
	E60 – H70_C	E60 – H70_A	E63 – H193_E	E60 – H71	D64 – H70	E63 – H71
	D126 – H131_C	E63 – H70	D64 – H70	D64 – H71	E63 – H70_D	E63 – H193_B
	D126 – H193_C	D126 – H70	D129 – H71	E63 – H193_F	E63 – H131_D	D64 – H71
	D129 – K132	D129 – H70	D130 – H193	E63 – H70	D129 – K132	D126 – H123
	D130 – H193	D129 – H71	D130 – H131	E63 – H71	D130 – K132	D129 – H131
	D130 – H70	D130 – H193	D130 – H70	D126 – H123	D130 – H71	D129 – K132
	D130 – H131	D130 – K132		D126 – H71	D130 – H131	D129 – H70
	D130 – H71	D140 – H131		D130 – H131	D140 – H123	D130 – H131
	E138 – H123	D140 – H123		E138 – K132	D140 – H131	E138 – K132
	D140 – K132			D140 – H123
pH 7.4	------	D130 – K132	E138 – K132	D130 – K132	E63 – K132	D130 – K132
					E138 – K132

ISSN: 1472-6807